بدأت دراسة الصيدلة في العام الدراسي 1947 في مدرسة الصيدلة والتى احتلت في ذلك الوقت بعض مبنى كلية الطب جامعة فاروق الأول بالإسكندرية مؤقتا.

و قد تأسس مبنى خاص للصيدلة في الأزاريطة بالقرب من كلية الطب ، وبدأت الدراسة به  في 1 أغسطس 1956.

كانت الدراسة بمدرسة الصيدلة في ذلك الوقت تتألف من أربع سنوات بما في ذلك السنة الإعدادية. و كانت درجة البكالوريوس في الصيدلة والكيمياء الصيدلية تمنح بعد قضاء فترة تدريب إلزامية في الصيدليات كما كانت المدرسة تمنح درجات الدبلومات والماجستير والدكتوراه.

وفي نوفمبر 1956، صدر القانون رقم 345 و الذى أصبحت بموجبه كلية الصيدلة كلية مستقلة بين كليات جامعة الإسكندرية. وقد تم تصميم منهج دراسي جديد للكلية حيث تم إدخال تعدبلات و متطلبات جديدة ليتماشى البرنامج الدراسى مع برامج التصنيع الدوائى على المستوى العالمي، فأصبحت سنوات الدراسة خمس سنوات بما في ذلك السنة الإعدلديةاعتباراً من يناير 1964.و في أغسطس 1970 تم إدخال تعديل جديد فى المقرر الدراسى لتصبح الدرجة التى تمنحها الكلية هى درجة البكالوريوس في العلوم الصيدلية بدلاً من الصيدلة والكيمياء الصيدلية. وكذلك أصبحت درجات الماجستير والدكتوراه تمنح فى العلوم الصيدلية.